Useful Links

Total : 27 Article 1/2 Page

Total List (27)

Proteome/Metabolome (27)

Genome/Transcriptome (10)

Portal/Literature (9)

Link Board


Proteome/Metabolome E3 ligase / DUB <-> substrate 찾는 사이트	Visit : 3

2021/01/27

UbiBrowser:
http://ubibrowser.ncpsb.org/ubibrowser/

Deubiquitinating enzyme:
http://ubibrowser.bio-it.cn/ubibrowser_v3/home/index


Proteome/Metabolome human에 있어 ubiquitination 되는 단백질들	Visit : 1

2018/10/06

http://bioinfo.bjmu.edu.cn/hubi/


Proteome/Metabolome protein-protein interaction을 볼 수 있는 사이트 정리	Visit : 3

2018/02/05

**1. https://omictools.com/protein-protein-interaction-prediction-category
- protein-protein interaction을 볼 수 있는 여러가지 사이트를 종합하여 올린 사이트입니다.

2. http://cb.csail.mit.edu/cb/struct2net/webserver/

3. http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-pips/

**4. http://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/ppi/
- 다른 PPI resources도 참고로 포함되어 있습니다.

*5. https://string-db.org
- 많이 사용되는 사이트입니다.

*6. https://www.ebi.ac.uk/intact/
- STRING처럼 많이 사용되는 사이트입니다.

7. https://thebiogrid.org
- 특정 protein의 binding proteins를 찾을 수 있습니다.

8. http://www.hitpredict.org/
-Protein-protein interactions from IntAct, BioGRID, MINT, DIP, MatrixDB, InnateDB are combined, annotated and scored. The reliability score is calculated based on the experimental details of each interaction and the sequence, structure and functional annotations of the interacting proteins.

2023.12.08


Proteome/Metabolome http://www.genome.jp/tools/motif/	Visit : 2

2016/06/08

protein sequence를 넣으면
motif 종류와 설명이 깔끔하게 잘 나와있는 tool입니다.


Proteome/Metabolome IntAact	Visit : 1

http://www.ebi.ac.uk/intact/

2013/11/29

Bioinformatics site : Finding your protein substrates


Proteome/Metabolome APAF	Visit : 0

http://www.proteome.org.au/

2004/07/31

australian proteasome analysis facility


Proteome/Metabolome Yonsei Proteome Research Center	Visit : 1

http://proteomix.org/

2004/06/11


Proteome/Metabolome Human and Mouse Degradomes	Visit : 0

http://www.uniovi.es/degradome/

2004/01/17

휴먼과 마우스의 protease genome만을 비교해 놓은 데이타베이스.


Proteome/Metabolome Merops	Visit : 1

http://merops.sanger.ac.uk/

2004/01/03

Peptidase database
우리에게 꼭 필요한 데이타베이스입니다.


Proteome/Metabolome PPI	Visit : 2

http://fantom21.gsc.riken.go.jp/PPI/

2003/12/30

Protein Protein Interaction Viewer
Protein Interaction 데이타베이스. 일본 RIKEN에서 운영.


Proteome/Metabolome BRENDA	Visit : 0

http://www.brenda.uni-koeln.de/

2003/12/29

효소 분류


Proteome/Metabolome NETWORKS	Visit : 1

http://www.nd.edu/~networks/cell/

2003/12/29

노트르담 대학에서 운영하는 단백질 네트워크 연합


Proteome/Metabolome TIGRFAMs	Visit : 1

http://www.tigr.org/TIGRFAMs/index.shtml

2003/12/29

타이거에서 운영하는 단백질 분류. 완성도가 좀 떨어지긴 합니다.


Proteome/Metabolome Database of Interacting Proteins(DIP)	Visit : 3

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/

2003/12/28

yeast 위주의 interaction database 강추!


Proteome/Metabolome PRINTS	Visit : 6

http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/

2003/12/28

Protein Fingerprints, 모티프 스캔


Proteome/Metabolome UniProt	Visit : 3

http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

2003/12/28

단백질 분류, 도메인 스캔


Proteome/Metabolome PIR Superfamily	Visit : 4

http://pir.georgetown.edu/iproclass/

2003/12/28

진화상의 상관관계에 따른 단백질 분류


Proteome/Metabolome Superfamily	Visit : 3

http://supfam.mrc-lmb.cam.ac.uk/SUPERFAMILY/

2003/12/28

단백질 분류, 도메인 스캔, HMM 라이브러리


Proteome/Metabolome ENZYME	Visit : 2

http://us.expasy.org/enzyme/

2003/12/28

효소 명명, 분류


Proteome/Metabolome rpsBLAST	Visit : 2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

2003/12/27

NCBI에서 제공하는 비교적 간단한 단백질 도메인 스캔

1 [2]